Prvá časť - samotný fotomaratón, štartuje v centre Bratislavy, kde dôjde k stretnutiu účastníkov, ich registrácii a vyhláseniu tém súťaže. Úlohou súťažiacich je v stanovenom čase (6 hodín) zhotoviť fotografie na dané témy, čo najoriginálnejšie a najvýstižnejšie. Tém je 12 a ku každej je možné urobiť len jednu fotografiu. Témy Bratislavského Fotomaratónu sa týkajú samotnej Bratislavy, jej histórie a kultúry (napr. Dóm sv. Martina) ako aj tém, ktoré sú abstraktnejšie a sloboda vyjadrenia je širšia (napr. svetlo v uliciach starého mesta). Do uplynutia stanoveného času účastníci odovzdajú na dohodnutom mieste nasnímané filmy, karty a jednorazové fotoaparáty.
Bratislavský fotomaratón ponúka dve kategórie v ktorých je možné súťažiť - analóg a digitál.
V prípade analógovej kategórie súťažiaci prídu s vlastným analógovým fotoaparátom a dostanú film, ktorý následne odovzdajú, prípadne majú možnosť dostať jednorazový fotoaparát, ktorý taktiež do uplynutia časového limitu odovzdajú. Čo sa týka digitálnej kategórie, súťažiaci prídu s vlastnými fotoaparátmi a s čistou kartou na ktorú fotografujú. Do stanoveného časového limitu na dohodnutom mieste sa ich nasnímané dáta z karty skopírujú.
Druhá časť Bratislavského fotomaratónu spočíva vo vyhodnotení fotografií odbornou porotou, kde sa hodnotí vždy celá séria fotografií jednotlivých účastníkov ako aj vystihnutie tém, nápaditosť a technické prevedenie. Následne sú víťazné série fotografií vystavované v kostole Klarisky v centre Bratislavy, kde je výstava prístupná širokej verejnosti. Výstavu otvára slávnostná vernisáž, spojená s vyhlásením víťazov, odovzdávaním cien a hudobným vystúpením.
Hlavným cieľom Fotomaratónu je pozvať obyvateľov a návštevníkov Bratislavy, ale aj iných slovenských miest, či zo zahraničia k tvorivej aktivite a spoznávaniu nášho hlavného mesta. Kritériá účastníkov nie sú obmedzené, zúčastniť sa môžu ako „bežní“ nadšenci fotografie tak aj profesionáli.
Zámerom projektu Bratislavský Fotomaratón je priblížiť fotografiu ľuďom všetkých vekových kategórií a zároveň im poskytnúť priestor pre tvorivé sebavyjadrenie a
Aktívny oddych. V tejto tvorivej činnosti dostanú účastníci príležitosť uvidieť Bratislavu v inom svetle.